東漢九卿之長均加“卿”字，其秩皆中二千石。此外，東漢九卿與西漢不同者還有：
（一）“光祿勳”設中郎將（五官中郎將，左中郎將，右中郎將，虎賁中郎將，羽林中郎將。東漢末還有東、北、西、南中郎將）。
（二）“少府”設尚書令一人（秩千石）、尚書僕射一人（秩六百石）、尚書6人（秩六百石）。“尚書”在西漢成帝時，初分四曹：常侍曹、二千石曹、民曹、主客曹（一五曹，多一個三公曹），東漢初分爲六曹：改常侍曹爲吏曹，又把主客曹分爲“南主客曹”與“北主客曹”。“尚書”又設左右丞2人（秩四百石），《後漢書?百官三》載：“掌錄文書期會，左丞主吏民章報及騶伯史。右丞假署印綬，及紙筆墨諸財用庫藏”；侍郎36人，每曹6人（秩四百石），掌作文書起草；令史18人，每曹3人（秩二百石），後增劇曹3人，合爲21人。可見尚書組織之龐大。
從表面上看，東漢的中央職權，似乎是三公、九卿在行使，其實並不如此，實際的權力掌握在尚書檯手中，所謂“三公”只不過是充當傀儡而已，雖然他們分管了九卿，但都不能發號施令。《後漢書?仲長統傳?法誡篇》：光武皇帝，慍數世之失權，忿強臣之竊命，矯枉過直，政不任下，雖置三公，政歸臺閣（即尚書檯），自此以來，三公之職，備員而已。
東漢中央官制與西漢官制最突出的區別，就在於尚書檯的組織。尚書之官稱創始於秦代。不過在秦時，所謂尚書，只是少府的屬吏，其任務僅僅主管在朝中傳達詔令，當時皆以文人爲之，至漢武帝改尚書爲中書，以宦官任之。成帝時，再恢復尚書舊名，尚書的由來雖然已久，但至西漢末，在中央政府中並不重要，只不過是宮廷收發而已，地位極低。至東漢光武帝，爲了推行絕對的獨裁政治，對於自己欽命的三公，也不信任，把國家的大權全部集中到自己手中。爲了處理政務，那些侍從左右的尚書，便是他最好的助手。自此以後，尚書的權威日益高漲。《通考?職官考》雲：至後漢，則（尚書）爲優重，出納王命，敷奏萬機，蓋政令之所由宣，選舉之所由定，罪賞之所由正，斯乃文昌天府，衆務淵藪，內外所折衷，遠近所稟仰。非常清楚，所謂尚書檯，就是皇帝宮廷的辦公廳。這是實現中央集權政治一種必要的政治機構。因而宮廷的辦公室就取代了中央政府，而皇帝的侍從也就一躍而居於三公之上。於是，尚書就由事務官變爲政務官了。因爲尚書事權極重，所以當時稱之爲“政歸臺閣”。所謂“臺閣”，就是指宮廷辦事處的意思。尚書檯的組織系統如下
比公者四：第一大將軍，次驃騎將軍，次車騎將軍，次衛將軍，又有前後左右將軍。
大將軍位在三公之上，驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍在三公之下。前、後、左、右將軍，位在上卿之下，不常置，東漢中期以後，太後臨朝稱制，外戚執政，常假借兵權以自重。於是，大將軍便成爲中央的主要官員了，並與太傅三公合稱爲五府。《通考?職官考》雲：
自安帝，政理衰缺，始以嫡舅耿寶爲大將軍，常在帝都。順帝即位，又以皇後父、兄弟相繼爲大將軍，如三公，漢末猶在三公上。梁冀、竇武、何進皆以大將軍錄尚書事，**朝政。將軍下設長史、司馬各1人，皆千石，從事中郎2人，六百石，職參謀政。此外，又有掾屬29人，令史及御屬31人，均在府中供職。將軍領兵的，都有部曲。大將軍營五部，每部校尉1人，比千石，掌領兵，是統率營部或某一兵種的武官。軍司馬1人，比千石，主兵。部下有曲，曲有軍侯1人，比六百石，掌監軍。曲下有屯，有屯長1人，比二百石。凡不設置校尉部的，但置軍司馬1人。又有假司馬、假侯，都是副貳之職。所屬兵員多少無定額。其餘雜號將軍，有事則置，因事命號，事已則罷。也有部曲、司馬、軍侯以領兵，也有掾、史分掌兵器與營務。明帝永平八年（公元65年）復置度遼將軍，以護南單于，因其內部時有不穩，遂爲常設將軍。靈帝時設“西園八校尉”防守京都洛陽，以宦官負主要責任，開宦官統兵之惡例。東漢政府對於少數民族，也設有多種專官，如“使匈奴中郎將”、“護烏桓校尉”、“護羌校尉”等。
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東漢的地方官，仍沿襲西漢舊制，分封王、侯與州、郡、縣雙軌並置。
一、州（郡）官
東漢劃天下爲十二州，每州置刺史1人，其首都所屬之州，設司隸校尉1人。《後漢書?百官志》雲：
外十二州，每州刺史一人，六百石……成帝更爲州牧，秩二千石。建武十八年（公元42年），復爲刺史，十二人，各主一州，其一州屬司隸校尉。
東漢地方官之權力比西漢要大得多，例如司隸校尉，不僅部領三輔、三河、弘農七郡，主察舉非法，而且“無所不糾，唯不察三公”。順帝時，中常侍王甫、曹節弄權，太尉段熲讒附佞幸。當時陽球爲司隸校尉，奏請收執王甫和段熲，送洛陽獄，陽球親自拷問。王甫父子皆死杖下，段熲自殺。李膺當司隸校尉，中常侍張讓之弟張朔爲野王縣令，貪殘無道，枉殺孕婦，聞膺到任，藏於張讓住宅合柱中，李膺親率從事破柱取朔，即殺之於洛陽獄。當此之時，諸黃門常侍休沐（假日），不敢擅出宮。桓帝問其故，皆怕李校尉。司隸校尉能出席中央的“廷議”，並且他的坐位在九卿之上。《後漢書?宣秉傳》雲：
光武特詔御史中丞（宣秉）與司隸校尉、尚書令會同並專席而坐，故京師號曰“三獨坐”。
司隸校尉屬吏有從事史12人；都官從事，主察舉百官犯法；功曹從事，主州部選署官吏及一應事務；別駕從事，凡校尉巡察州部時，則奉引，並錄衆事；簿曹從事，主財谷簿書。如有軍事，則置兵曹從事，掌兵事。此外，還有郡國從事，每郡國各1人，主督促文書，察舉非法。皆由州自行闢除，通爲百石。又有假左25人，主簿錄閣下事，省文書。門亭長掌州正門。門功曹書佐掌選用。《孝經》師主監試經。《月令》師主時節祠祀。律令師主平法律。簿曹書佐主簿書。每郡國各有典郡書佐1人，各主一郡文書，以郡吏補用，每年換一次。
司隸校尉所部之外的十二州，建武十八年（公元42年）改州牧爲刺史。刺史常以每年八月巡察所部郡國，錄囚徒，課殿最。西漢的刺史，本是中央派遣的一種視察官，他們的任務是周行郡國，刺探政情，年終回京復奏，原非固定的行政官吏。但到東漢時，刺史已有一定的治所和自己的衙門，每年遣吏向司徒府彙報。西漢舊制，州牧奏二千石長吏不稱職者，皆先下三公，三公遣掾史案驗，然後黜退。東漢光武不任三公，權歸刺史，有所劾奏，便加黜退，刺史權威愈重。其屬吏皆有從事史，假佐，人員與司隸略同，但無都官從事，以功曹從事爲治中從事。靈帝中平五年（公元188年），又改刺史爲州牧。自此以後，刺史就由中央派遣的視察官，一變而爲地方行政官。東漢的地方行政，也由郡縣的二級制，一變而爲州、郡、縣三級制了。
二、郡國官
東漢有郡國105個，除司隸所部七郡外，有王國27個，列郡71個。其中豫州部郡國6，冀州部9，兗州部8，徐州部5，幷州部9，幽州部11，青州部6，荊州部7，揚州部6，益州部12，涼州部12，交州部9。
《後漢書?百官五》雲：
皇子封王，其郡爲國，每置傅一人，相一人，皆二千石……相如太守，有長史，如郡丞。
還有中尉1人，皆二千石，職如郡都尉，主盜賊，郎中令1人，僕1人，皆千石。郎中令是掌王、大夫及郎中等宿衛官，還有僕1人，僕主車及馭。又有治書，六百石，如尚書。謁者，四百石，隨王所使。又有禮樂長、衛士長、醫工長、永蒼長、祠祀長，皆比四百石。《百官志》又雲：“列侯所食縣爲侯國……功大者食縣，者食鄉、亭。”侯國置相1人，如縣令長，不臣於侯，但須納租於侯，以戶數爲限。食封千戶以上者，置家丞、庶子各1人，不滿千戶者，不置家丞。縣侯、鄉侯、亭侯之封，爲東漢所創設，但東漢侯王不過徒擁虛號，權力已遠遠不如西漢了。其所屬封國的政治，皆由中央所派之傅相主持，而所謂王侯傅相其實就是中央派遣的地方官。
列郡，每郡置太守1人，二千石。因東漢建都洛陽，河南郡爲京畿所在地，故稱河南尹。其地位高於太守。河南尹奉朝請如九卿，秩中二千石。每郡置丞1人，掌治民，郡在邊地的，又有長史1人，掌兵馬，皆六百石。又有郡司馬，在長史之下（都尉下也有司馬，二者不可混同）。王國之相、列卿太守皆掌治民，進賢能，除奸猾，春行所屬縣，勸民農桑，賑救貧乏。秋冬遣文無害吏（公平正直，無所枉害），審訊囚犯，使罪當其法，無所冤濫。對屬官課其殿最。西漢有郡都尉，比二千石，治郡兵，備盜賊，據《後漢書?百官志》載：“建武六年（公元30年），省諸郡都尉，並職太守。”東漢以郡都尉並於太守，可見東漢太守不僅聽郡政，並且典郡兵了。所以東漢的太守又稱“郡將”。但在邊郡往往置都尉或屬國都尉，且有分縣，掌治其民，比於郡。如和帝永元元年（公元89年），置西河，上郡屬國都尉。十五年（公元105年）又置遼東西部都尉。安帝以西羌數犯三輔，復置右扶風都尉、京兆虎牙都尉。
郡太守置諸曹掾、史。有功曹史，主選署功勞（即掌任用遷轉與記錄功過）；有五官掾署，理功曹及諸曹事；有五部督郵書掾，以監督所屬各縣；有門亭長1人，主府門；有主記室史，主錄事和發出通知。閣下和諸曹各有書佐、幹，主文書。
三、縣邑道官
郡國之下爲縣，皇後、公主食邑爲邑，在少數民族聚居之地爲道（“道”在西漢已有）。大縣置令1人，千石，其次置長，四百石，者置長，三百石。侯國的相，其官階如縣令或縣長，皆掌治其民，勸善懲惡，理訟獄，禁盜賊。秋冬各計其戶口墾田、錢穀出入、盜賊多少，然後向所屬的郡國彙報。在縣令、長之下，置縣丞1人；縣尉，大縣2人，縣1人。丞主文書，典管倉獄，尉主盜賊，秩四百石至二百石，是爲長吏。百石以下，有鬥食佐史之秩，是爲少吏。諸曹掾、史，大致如郡掾。皆有主簿、功曹、獄掾，有縣三老，掌教化。
縣以下爲鄉，大率十裏爲鄉。鄉置有秩、嗇夫、三老遊徼。凡大鄉，由郡任命有秩1人，秩百石。鄉，由縣任命嗇夫1人。皆主一鄉之事，瞭解民間善惡，定其徭役先後。瞭解民間貧富，定其賦稅多少。三老掌教化，凡忠孝節義，足爲法式者，皆旌表其門，以倡導從善去惡。遊徼掌巡察，禁止奸盜。又有鄉佐，主收賦稅。
鄉之下爲亭，亭置亭長，主求捕盜賊。尉、遊徼、亭長皆習五兵，即弓弩、戟、楯、刀劍、甲鎧。
亭之下爲裏，裏置裏魁，掌一裏百家。裏之下爲什，什有什長，主十家事。什之下有伍，伍有伍長，主五家以相檢察；民有善惡，以告監官。伍之下就是最基層的人民羣衆。
邊郡有障塞尉，守衛邊塞，以防外敵侵犯。近塞縣皆置尉，百裏1人，士史、尉史各2人，巡行邊塞。
凡縣出鹽多的，置鹽官，主收鹽稅。出鐵多者，置鐵官，主鼓鑄，手工業者多的，置工官，主工稅，有水池漁利多者，置水官，主平水收魚稅。隨事置吏，不在縣吏名額之內。
總之，東漢官制的特是：（一）中央集權加強，從“尚書檯”之組織可以看出；（二）地方形成州、郡、縣三級之制，以強化對各級地方的控制。但由於“州牧”事權過重，形成東漢末年軍閥割據的局面；（三）重視少數民族的事務，設專官以統治少數民族地區。這不但對
少數民族地區加強了控制，而且對發展邊區也起了一定的作用。
文臣官職
【一品】
丞相：可分設左右
三公：大司馬(太尉)、(大)司徒、(大)司空
【二品】(九卿)
衛尉太常太僕
廷尉宗正少府
光祿勳大司農大鴻臚
【三品】
侍郎(尚書郎)
侍中中書令
大尚書大長秋
執金吾京北尹
右扶風左馮翊
【四品】(九卿輔官)
衛尉丞
太常丞
太僕丞
廷尉丞
宗正丞
少府丞
光祿勳丞
大司農丞
大鴻臚丞
【五品】
御史大夫
御史中丞
丞相主薄
丞相長史
光祿大夫
中散大夫
諫議大夫
禮官大夫
黃門侍郎
從事中郎
【六品】
議郎
郡史
贊饗
食監
祭酒
御史員
右都侯
左都侯
左僕射
右僕射
【七品】(五史五掾)
左長史
右長史
侍御史
丞相史
廷尉史
[從]
五官掾
東曹掾
西曹掾
文學掾
太常掾
【八品】(十輔丞)
太史丞
太樂丞
太祝丞
太卜丞
太醫丞
[從]
中書丞
符節丞
尚書丞
明堂丞
靈臺丞
【九品】
縣尉
縣丞
縣史
縣長
縣令
鍾官
導官
主事
御府
尚方
[從]
議曹,主謀議事
辭曹,主評訟事
奏曹,主章奏事
決曹,主罪法事
集曹,主簿計事
戶曹,主民戶祭祀農桑事
法曹,主郵驛科程事
倉曹,主倉谷事
金曹,主錢幣鹽鐵事
侍曹,主通報事
※文臣除一品4(5)位、九品20位外，四品以上9位，以下10位
武將官職
【一品】
大將軍
大都督
[從]
左都督
右都督
衛將軍
【二品】
驃騎大將軍
車騎大將軍
中軍大將軍
撫軍大將軍
[從]
輔國將軍
鎮國將軍
輔軍將軍
鎮軍將軍
【三品】
前將軍
左將軍
右將軍
後將軍
【四品】
徵東將軍
徵南將軍
徵西將軍
徵北將軍
[從]
鎮東將軍
鎮北將軍
鎮南將軍
鎮西將軍
【五品】
安南將軍
安東將軍
安北將軍
安西將軍
[從]
平東將軍
平南將軍
平北將軍
平西將軍
【六品】
軍師將軍：掌軍國選舉及刑獄法制決斷。荀攸、朱然、諸葛亮曾爲。
領軍將軍（領軍、中領軍）：高級將軍名號。主五校、中壘、武衛三營，並掌禁兵。
護軍將軍（護軍、中護軍）：高級將軍名號。與領軍同時置，掌禁兵。
都護將軍（都護）：高級將軍名號，乃統率諸將之官。
驍騎將軍：高級將軍名，秦朗曾任此職。
越騎將軍：高級將軍名號，曹彰曾行此職。
[從]
伏波將軍：雜號將軍之一。夏侯敦曾任此職
厲鋒將軍：雜號將軍之一。曹洪曾任此職
武衛將軍：雜號將軍之一。許褚曾任此職
蕩寇將軍：雜號將軍之一。張遼曾任此職
討寇將軍：雜號將軍之一。王平曾任此職
滅寇將軍：雜號將軍之一。丁奉曾任此職
遊擊將軍：雜號將軍之一。樂進曾任此職
揚武將軍：雜號將軍之一。滿寵曾任此職
立義將軍：雜號將軍之一。龐德曾任此職
秉忠將軍：雜號將軍之一。孫乾曾任此職
翊軍將軍：雜號將軍之一。趙雲曾任此職
鎮遠將軍：雜號將軍之一。魏延曾任此職
奉義將軍：雜號將軍之一。姜維曾任此職
橫江將軍：雜號將軍之一。魯肅曾任此職
威烈將軍：雜號將軍之一。韓當曾任此職
討逆將軍：雜號將軍之一。孫策曾任此職
徵虜將軍：雜號將軍之一。張飛曾任此職
討虜將軍：雜號將軍之一。黃忠曾任此職
揚威將軍：雜號將軍之一。臧霸曾任此職
【七品】
羽林郎將
立武郎將
立節郎將
綏南郎將
五官郎將
左中郎將
右中郎將
虎賁郎將
[從]
偏將軍
裨將軍
門下督將帥府屬官。
帳下督
軍祭酒即軍師祭酒。
【八品】(漢武八校尉)
長水校尉掌長水宣曲胡騎。
屯騎校尉掌屯騎。
越騎校尉掌越騎。
步兵校尉掌上林苑門屯兵。
射聲校尉掌待詔射聲士。
中壘校尉掌中壘。
胡騎校尉掌池陽胡騎。
虎賁校尉掌輕車。
[從](西園八校尉)
典軍校尉
上軍校尉
中軍校尉
下軍校尉
左軍校尉
右軍校尉
助軍左校尉
助軍右校尉
【九品】
謁者僕射(大謁者)：謁者之長
賓贊謁者：主賓贊受事
監冶謁者：掌管冶鐵的專官
郎中謁者：郎中令屬官
中宮謁者：大長秋屬官
給事謁者：少府屬官
通事謁者：使者
中書謁者：掌引見臣下，傳達使命
持書謁者：侍御史輔官
持節謁者：掌符節
[從]
都尉：總領佐守典武職甲卒
郡尉：掌佐守典武職甲卒
散騎
黃門：司農屬官
武庫：執金吾屬官
洗馬：即太子洗馬。太子屬官
督郵：掌管督察糾舉、宣達教令、訟獄捕亡等事
若盧：主藏兵器
衛士：主警衛